- Отдел № 10 фундаментальной иммунологии (Хаитов Р.М.)
- Лаборатория № 11 лекарственно-диагностических форм (Иванова А.С.)
- Лаборатория № 12 искусственных антигенов (Некрасов А.В.)
- Лаборатория № 13 взаимодействия клеток (Орадовская И.В.)
- Лаборатория № 14 радиоизотопных методов исследования (Меркушов А.В.)
- Лаборатория № 15 экспериментальной технологии иммунопрепаратов (Степаненко Р.Н.)
- Лаборатория № 16 препаративной биохимии антигенов (Львов В.Л.)
- Отдел № 20 иммунной биотехнологии (Атауллаханов Р.И.)
- Лаборатория № 21 физиологии иммунитета и аллергии (Гудима Г.О.)
- Лаборатория № 22 полисахаридных вакцин (Апарин П.Г.)
- Лаборатория № 23 иммунохимии (Филатов А.В.)
- Лаборатория № 24 генетического контроля иммунного ответа
- Лаборатория № 25 активации иммунитета (Атауллаханов Р.И.)
- Отдел № 30 иммуногенетики (Алексеев Л.П.)
- Отдел № 40 клеточной иммунологии
- Лаборатория № 41 клеточных механизмов аллергии и иммуномодуляции
- Лаборатория № 42 дифференцировки лимфоцитов (Митин А.Н.)
- Лаборатория № 44 экспериментальных животных (Хрусталев С.А.)
- Отдел № 50 иммунобиологии СПИДа (Сидорович И.Г.)
- Отдел № 60 клинической диагностики
- Отдел № 70 нанобиомедицинских технологий (Хаитов М.Р.)
- Лаборатория № 71 персонализированной медицины и молекулярной иммунологии (Хаитов М.Р.)
- Лаборатория № 72 пептидных иммуногенов (Андреев С.М.)
- Лаборатория № 73 клинической фармакологии (Смирнов В.В.)
- Лаборатория № 74 контроля безопасности биотехнологических препаратов (Гуськова Т.А.)
- Отдел № 80 клинической иммунологии и аллергологии (Гущин И.С.)
- Отделение № 81 научно-консультативное (Лусс Л.В.)
- Отделение № 82 иммунопатологии (Латышева Т.В.)
- Отделение № 83 иммунопатологии детей (Ярцев М.Н.)
- Отделение № 84 аллергологии и иммунопатологии кожи (Феденко Е.С.)
- Отделение № 85 бронхиальной астмы (Курбачева О.М.)
- Отделение № 86 аллергологии (Шульженко А.Е.)
- Лаборатория № 87 молекулярных механизмов аллергенов (Федосеева В.Н.)
- Отделение госпитализации №89 (Назарова Е.В.)
- Отдел № 90 иммунодиагностики и иммунокоррекции (Пинегин Б.В.)