На Институт возложены функции, определенные Положением об условиях государственного обеспечения государственного научного центра Российской Федерации “Института иммунологии”, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 11 июля 1994 г. № 816:
- проведение в соответствии с утвержденными программами фундаментальных, поисковых и прикладных научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ;
- участие в разработке и реализации федеральных целевых программ;
- подготовка и переподготовка высококвалифицированных научных кадров в области клинической и фундаментальной иммунологии и аллергологии.
- участие в выполнении обязательств, предусмотренных межгосударственными, межправительственными, межведомственными соглашениями, договорами и другими документами (меморандумы, резолюции, протоколы) о научно-техническом сотрудничестве;
- оказание консультативной и лечебной помощи населению;
Институту присвоен статус:
- Государственной научной организации;
- Сотрудничающего центра ВОЗ по фундаментальной и прикладной иммунологии;
- Клинической базы Фармакологического комитета по оценке иммунотропной активности фармакологических средств;
- Базовой организации по рассмотрению и экспертизе фармакопейных статей на химфармпрепараты – Иммуномодулирующие средства, Вакцинирующие препараты, Аллергены, аллергоиды, аллерговакцины;
- Центра по предупреждению и борьбе со СПИД в системе Третьего Главного управления при Минздраве СССР (ныне Федеральное медико-биологическое агентство России);
- Государственного научного центра Российской Федерации;
- Всероссийского иммунологического центра Минздрава РФ;
- Испытательного иммунологического центра лекарственных средств и средств диагностики Госстандарта России;
- Всесоюзной референс-лаборатории по скринингу и контролю гистотипирующих стандартов, выпускаемых в СССР;
- Всесоюзного научно-методического аллергологического центра (ВНАЦ) Минздрава СССР (ныне Минздрав РФ).
Институту делегированы функции и права:
- на занятие медицинской деятельностью согласно протоколу на территории Москвы;
- ведения образовательной деятельности в сфере профессионального образования.
- методического руководства Центрами по оценке иммунного статуса и вопросам иммунокорригирующей терапии выявленных больных и инфицированных ВИЧ;
- организационного и научно-методического руководства лабораториями клинической иммунологии и подготовки специалистов для них, обеспечивающих оценку иммунного статуса человека, диагностику иммунодефицитных состояний и других форм иммунопатологии;
- руководства профильными лабораториями и группами клинической иммунологии, обеспечивающими оценку и мониторинг иммунного статуса человека, диагностику иммунодефицитных состояний и других форм иммунопатологий у контингентов людей, подвергающихся воздействию радиационного фактора в результате аварии на ЧАЭС;
- координации и контроля иммунологического обеспечения трансплантации органов в Российской Федерации